Nel novembre 2006, viene chiamato dall’Udinese per affiancare il suo mentore Giovanni Galeone in veste di collaboratore tecnico.
Nel giugno è stato scelto come allenatore dal Lecco, squadra neopromossa in Serie C1, ma lascio dopo due settimane per divergenze con la società.
Nell’estate 2007 viene chiamato ad allenare i pari categoria del Sassuolo.
Allegri porta i neroverdi alla prima promozione in Serie B e alla Supercoppa di Serie C1 contro la Salernitana.
Nel novembre 2008 è insignito della Panchina d’oro di Prima Divisione.
Il 29 maggio 2008 si accorda con il Cagliari, ottenendo il suo primo ingaggio da allenatore di Serie A.
Dopo un avvio poco brillante riuscì a portare la squadra rossoblù alla salvezza.
Per la stagione 2009-2010 che, il 1º febbraio 2010, lo vede insignito della Panchina d’oro quale miglior allenatore della precedente annata di Serie A.
Nel 2010 viene scelto dal Milan.
Porta il Milan alla conquista dello Scudetto.
Diventa il secondo allenatore più giovane a vincere il tricolore dopo Roberto Mancini, poi fù Conte nel 2012.
Nel 2011 vince la Supercoppa italiana a Pechino l’Inter per 2-1.
Nel 2012 gli viene conferito prima il premio di migliore allenatore AIC e poi il Trofeo “Maestrelli”, quale miglior tecnico della precedente stagione.
Nell’annata 2011-2012 Allegri raggiunge il suo miglior piazzamento in Champions League con il Milan portandolo fino ai quarti e in campionato perse il duello con Conte non riuscendo a difendere il titolo.
Nella stagione seguente, portò il Diavolo a chiudere il torneo alla terzo posto.
Nel 2013-2014, grazie alla vittoria casalinga ottenuta contro l’Atalanta, Allegri raggiunge le 100 vittorie da allenatore in Serie A.
Viene esonerato a metà campionato con la Squadra posizionata a metà classifica.
Il 16 luglio 2014 viene ingaggiato dalla Juventus, al posto di Conte improvvisamente dimessosi.
La stagione si conclude con la vittoria del campionato il quarto consecutivo per la Juventus.
Allegri diventa il primo in assoluto, nella storia della Serie A, a vincere il tricolore alla prima stagione con due diverse squadre.
Nello stessa stagione conquista la Coppa Italia ai danni della Lazio.
Perde però la finale di Champions League , a Berlino, contro il Barcellona, a 12 anni dall’ultima finale.
La stagione successiva si apre con la vittoria della sua seconda Supercoppa italiana, battendo a Shanghai la Lazio.
Dal 13 febbraio sul Napoli inanella una striscia di quindici vittorie consecutive in campionato, stabilendo il nuovo record societario bianconero.
Alle prese anche in questa stagione, con una rosa profondamente rivoluzionata, conquista il suo quinto Scudetto consecutivo.
Nell’annata 2016-2017 conquista il suo terzo scudetto di fila e sesto per la Juventus.
Raggiunge la sua seconda finale di Champions League,a Cardiff persa contro Real Madrid.
Nell’annata 2017-2018 Allegri guida la Juventus al suo settimo Scudetto consecutivo, vincendo la Coppa Italia per 4 a 0 ai danni del Milan.
Nel 26 marzo viene premiato per la terza volta in carriera con la Panchina d’oro.
L’annata 2018-2019 vede la Juventus vincere la sua ottava Supercoppa italiana e il suo ottavo Scudetto consecutivo.
Nel 20 maggio 2019 viene introdotto nella Hall of Fame del calcio italiano.
Dopo un biennio sabbatico, il 28 maggio 2021 ritorna alla guida della Juventus in sostituzione di Andrea Pirlo.
Nel 28 ottobre dello stesso anno, in occasione della sconfitta casalinga contro il Sassuolo,diventa il terzo allenatore a raggiungere le 200 panchine con i torinesi.
Nella prima stagione Allegri non riesce a replicare i successi degli anni precedenti.
Ottiene l’obiettivo minimo della qualificazione Champions, perdendo anche le finali di Supercoppa italiana e Coppa Italia,entrambe contro l’Inter e sempre ai tempi supplementari.

