Nel suo quartiere, Dock Sud, non esisteva nessun campo da calcio sarà suo padre, assieme ad altri genitori del posto, a realizzare un campetto di erba e sabbia.
L’argentino inizierà a tirare i suoi primi calci a un pallone, nella formazione della Disneyland.
Nel 1982, un dirigente dell’Independiente gli offrì l’opportunità di giocare nella sua squadra, ed egli accettò immediatamente l’offerta, dato che era un tifoso dei Diablos Rojos.
Dopo esser sceso in campo per sette anni tra le file dell’Independiente i dirigenti e i tecnici della squadra decisero di tagliarlo fuori dalla squadra, perché sotto l’aspetto fisico era troppo piccolo e debole.
Per più di un anno smise di giocare a calcio, pensando solamente allo studio e al lavoro.
Javier aiutava suo padre nei cantieri, e questo sostegno che offrì al genitore contribuì al suo sviluppo fisico.
Zanetti iniziò a cercare un’altra squadra, e l’opportunità gliela offrì il fratello Sergio, che militava nel Talleres.
Javier ha aspettato che suo fratello Sergio si trasferisse, perché non voleva passare per raccomandato, e infine ha fatto un provino dove è stato promosso
. Durante la sua permanenza a Remedios de Escalada prese il vezzeggiativo Pupi del fratello Sergio appena ceduto, necessario in quanto in squadra oltre a lui, c’erano ben cinque Javier.
Nelle giovanili del Talleres giocò da centrocampista in quarta divisione, e le ottime prestazioni lo fecero promuovere in prima squadra.
Inoltre il club di Remedios de Escalada gli offrì un contratto da professionista, in quanto Zanetti per guadagnare e aiutare economicamente la famiglia era costretto a lavorare la mattina vendendo il latte.
Nell’estate del 1993, a vent’anni, approdò nella massima serie, la Primera Division venendo acquistato dal Banfield.
Vestì la maglia numero 4, che non abbandonò più ed esordì con i biancoverdi.
Il 12 settembre 1993 contro il River Plate, in una partita finita 0-0.
Segnalato da Antonio Angelillo fu acquistato da Massimo Moratti. L’Inter ne annunciò ufficialmente l’ingaggio.
Zanetti esordì il 27 agosto 1995, nella prima giornata di campionato contro L.R. Vicenza vinta per 1 a 0.
Il 12 settembre esordì in Coppa UEFA col il Lugano.
L’anno successivo, arriva di Luigi Simoni in panchina e Ronaldo. l’Inter vince la col Coppa UEFA a spese della Lazio.
Nella stagione 1998-99 il 28 ottobre indossò per la prima volta la fascia di capitano nel match di Coppa Italia contro il Castel di Sangro
Dal 1999 al 2001 la squadra fu guidata da Marcello Lippi prima e Marco Tardelli poi senza però cogliere risultati di rilievo.
L’estate 2001 segnò l’ingaggio di Herctor Cuper , voluto da Moratti per riportare la squadra al successo.
Lo scudetto venne perso nella giornata conclusiva, quando il 4-2 subìto in casa della Lazio comportò il sorpasso di Juventus e Roma.
La stagione 2003-04, arrivò quarto posto e l’accesso alla Champions League.
La stagione 2004-05 l’Inter conquista la Coppa Italia, la Supercoppa italiana ai danni della Juventus l’Inter rivinse la coppa italoa nel 2006.
Lo scandalo di Calciopoli consegnarono ai milanesi lo Scudetto, dopo il declassamento dei bianconeri.
Nel campionato 2006-07 vince lo scudetto Inter con 97 punti in classifica.
Il successore di Mancini fu il portoghese José Mourinho che vinse subito la Supercoppa italiana contro la Roma.
Vinsero il quarto Scudetto consecutivo.
La stagione 2009-10, l’Inter capace di centrare un triplete mai riuscito a nessun’altra formazione italiana.
Vincendo campionato, coppa nazionale e Champions.
La stagione culminato con la Supercoppa di lega e nel Mondiale per club, con Benítez in panchina.
L’11 maggio successivo, nel ritorno delle semifinali di Coppa Italia con la Roma, disputò la millesima partita in carriera.
I nerazzurri si aggiudicarono poi il trofeo, l’ultimo trofeo.
Il 21 aprile 2013, scendendo in campo contro il Parma, raggiunse le 1 100 presenze in carriera consolidando il quarto posto tra i calciatori con più presenze della storia.
una settimana più tardi, nell’incontro col Palermo, riportò la rottura del tendine d’Achille, che chiuse la sua stagione.
Zanetti nella stagione 2013-14: rientrò infatti in campo a 40 anni e 3 mesi con il neo allenatore Walter Mazzarri.
Nell’arco dei diciannove anni trascorsi in maglia nerazzurra, Zanetti è sceso in campo 858 volte.
in 813 occasioni è partito da titolare giocando per un totale di 73 284 minuti.
Segnando 21 reti e ricevendo due sole espulsioni.
Ha inoltre disputato consecutivamente 137 delle sue 615 partite in Serie A.
Essendosi ritirato a 40 anni e 281 giorni, è nella top ten dei giocatori più anziani ad aver mai calcato i campi di Serie A.